Fasilitas yang dimiliki SMP 3 Banguntapan antara lain:
- Ruang Kelas 21
- Laboratorium IPA 2
- Laboratorium Komputer 2
- Ruang Keterampilan 1
- Museum Budaya 1
- Ruang Praktik Keterampilan 1
- Lapangan Rumput Sepak Bola 1
- Lapangan basket, futsal, dan volley
- Kantin Bersih 5
- Mushola 2
- Perpustakaan 1
- Koperasi 1
- UKS 1
- BK 1